根据《维也纳领事关系公约》、《取消文书认证的海牙公约》以及证据规则中关于域外证据公证认证的相关规定，为确保加拿大公司在中华人民共和国境内所涉及的法律事务能够得到有效处理，加拿大公司需办理主体资格公证认证。
在一起涉及中国国有企业与加拿大注册公司的合资项目纠纷案中，由于双方存在合作矛盾，中国公司以违约为由起诉加拿大公司，并要求归还已支付款项。中国法院在受理该案件时，要求提交加拿大公司主体资格公证认证文件。
为完成主体资格公证认证，首先需对加拿大公司信息进行查册。这包括查询公司的当前状态、注册时间、注册地址、董事信息等，通过政府登记注册部门获取相关信息。随后，需向省政府提交认证申请，最后将文件送至中国驻加拿大领事馆办理认证。
认证过程旨在确保一国出具的公证文书能被另一国的相关当局承认，从而使文件具备跨境法律效力。依据《维也纳领事关系公约》等相关规定，大使馆接受领事辖区内的认证申请。加拿大主体资格公证认证的基本程序如下：
第一步：将需要公证认证的文件送至律师事务所办理公证。
第二步：将经过律师或公证人公证的文件送至加拿大省政府办理认证。
第三步：将已办理公证和认证的文件送至中国驻加拿大领事馆申请认证。
整个认证过程预计需25个工作日左右。通过以上程序，加拿大公司在中华人民共和国境内的法律事务能得到有效处理，其主体资格得到确认。